Прикладная архитектура ИСУБД «Новая Афина» представляет собой сочетание автоматизированных бизнес-систем (прикладные подсистемы), работающих на основе единого финансового ядра.
Каждая прикладная подсистема выполняет определенную группу финансовых операций и может быть настроена с учетом требований конкретного банка.
Полнофункциональный набор прикладных подсистем предоставляет возможность решить проблему комплексной автоматизации всего многообразия операций современного банка.
Прикладные подсистемы ИСУБД «Новая Афина» функционируют на базе документооборота, машины проводок и, обычно, подсистемы «Расчетное обслуживание» (РО).